1. 业务环节的差异国内电子商务是国内贸易，而跨境电子商务实际上是国际贸易，因其具有的国际元素，而区别于一般的电子商务。较之国内电子商务，跨境电子商务业务环节更加复杂，需要经过海关通关、检验检疫、外汇结算、出口退税、进口征税等环节。在货物运输上，跨境电商通过邮政小包、快递方式出境，货物从售出到国外消费者手中的时间更长，因路途遥远、货物容易损坏，且各国邮政派送的能力相对有限，集聚增长的邮包量也容易引起贸易摩擦。国内电子商务发生在国内，以快递方式将货物直接送达消费者，路途近、到货速度快，货物损坏概率低。
2. 交易主体差异国内电子商务交易主体一般在国内，国内企业对企业、国内企业对个人或者国内个人对个人。而跨境电子商务交易的主体肯定是跨境之间。可能是国内企业对境外企业、国内企业对境外个人或者国内个人对境外个人。交易主体遍及全球，有不同的消费习惯、文化心理、生活习俗，这要求跨境电商对国际化的流量引入、广告推广营销、国外当地品牌认知等有更深入的了解，需要对国外贸易、互联网、分销体系、消费者行为有很深的了解，要有“当地化/本地化”思维，远远超出日常国内的电商思维。
3. 交易风险差异国内生产企业知识产权意识比较薄弱，再加上B2C电子商务市场上的产品多为不需要高科技和大规模生产的日用消费品，很多企业缺乏产品定位，什么热卖就上什么产品，大量的低附加值、无品牌、质量不高的商品和假货仿品充斥跨境电子商务市场，使侵犯知识产权等现象时有发生。在商业环境和法律体系较为完善的国家，很容易引起知识产权纠纷，后续的司法诉讼和赔偿十分麻烦。而国内电子商务行为发生在同一个国家，交易双方对商标、品牌等知识产权的认识比较一致，侵权引起的纠纷较少，即使产生纠纷，处理时间较短、处理方式也较为简单。
4. 适用规则差异跨境电商比一般国内电子商务所需要适应的规则更多、更细、更复杂。首先是平台规则。跨境电商经营借助的平台除了国内的平台，还可能在国外平台上开展交易，国内的B2B以及B2C平台已经很多，各个平台均有不同的操作规则，海外各国的平台及其规则更是令人眼花缭乱。跨境电商需要熟悉不同海内外平台的操作规则，具有针对不同需求和业务模式进行多平台运营的技能。国内电子商务只须遵循一般的电子商务的规则，但是跨境电商则要以国际通用的系列贸易协定为基础，或者是双边的贸易协定为基础。跨境电商需要有很强的政策、规则敏感性，要及时了解国际贸易体系、规则，进出口管制、关税细则、政策的变化，对进出口形势也要有更深入的了解和分析能力。
